A rák genetikai hálózatainak dekódolása
Az emberi sejtekben olyan molekulák, mint a mikroRNS-ek és a hírvivő RNS-ek, bonyolult szabályozási rendszerekben kommunikálnak egymással. Ha ezek a hálózatok felborulnak, olyan betegségek alakulhatnak ki, mint a rák. Ezért fontos feltérképezni, hogyan működik ez a bonyolult molekuláris rendszer, mert csak így lehet pontosabban diagnosztizálni és kezelni a daganatokat.
Az eddigi módszerek azonban gyakran elvesznek a rengeteg hamis jel és a hatalmas adatmennyiség miatt, ezért a valóban lényeges interakciókat megbízhatóan azonosítani csak nehezen lehetett. Az RNACOREX ezt a kihívást hidalja át azzal, hogy egyrészt válogatott nemzetközi adatbázisokat, másrészt valós génexpressziós adatokat kombinál — így azokat a miRNS–mRNS kapcsolatokat emeli ki, amelyek valódi biológiai jelentőséggel bírnak. Ezekből a kapcsolatokból lépésről lépésre épít összetett szabályozási hálózatokat, és probabilisztikus modellekkel vizsgálja, hogyan viselkedik a betegség.
Átlátható túlélési előrejelzések
A kutatócsoport az RNACOREX teljesítményét 13 daganattípus (például emlő-, vastagbél-, tüdő-, gyomor-, bőr- és fej-nyaki daganatok) adatai alapján vizsgálta. Az eredmények alapján a szoftver olyan pontossággal jósolt túlélést, mint a vezető mesterségesintelligencia-modellek, de azzal a lényegi különbséggel, hogy az eredmények mögött könnyen értelmezhető biológiai magyarázatokat is fel tudott mutatni.
A túlélési előrejelzésen túl az RNACOREX képes azonosítani azokat a szabályozási hálózatokat, amelyek konkrét kimenetelekhez köthetők, felismeri a több daganattípusban visszatérő mintázatokat, és kiemeli azokat az egyes molekulákat, amelyek klinikailag különösen ígéretesek lehetnek. Elképzelhető, hogy ezek az új felismerések új diagnosztikai biomarkerekhez vagy célzott terápiás lehetőségekhez vezetnek. Mindez felgyorsíthatja a kutatást, hiszen az RNACOREX megbízható térképet nyújt ehhez.
Szabadon hozzáférhető, folyamatosan bővülő platform
Az RNACOREX teljes egészében ingyenesen elérhető, automatizált adatbázis-letöltő funkcióval is rendelkezik, így könnyen beilleszthető laborok és kutatócsoportok munkájába. Az eszközt Navarra kormánya, illetve az ERA PerMed-program is támogatta.
A fejlesztők már a szoftver bővítésén dolgoznak: új funkciókkal, komplexebb interakciós rétegekkel igyekeznek minél teljesebb biológiai magyarázatokat adni a tumorok viselkedésére. Ezzel egy időben az intézet elkötelezett a biomedicina, a mesterséges intelligencia és az adattudomány összekapcsolása mellett, hogy a daganatok személyre szabott kezelését még hatékonyabbá tegye.
